La iglesia tiene su origen en el s. IV, formando parte de un monasterio. Chora quiere decir que se encontraba extramuros, fuera de la muralla de Constantino. Durante la época iconoclasta, sus mosaicos y figuras sufrieron un gran deterioro. La mayoría de lo que existe hoy día data de los años 1077-81. A principios del s. XII la iglesia sufrió un derrumbe parcial, ocasionado por un terremoto, fue reconstruida, pero en el siglo XIII fue saqueada por los cruzados. El aspecto que tiene en la actualidad data del s. XIV.
Después de la conquista de Constantinopla por los turcos, año 1453, la convierten en mezquita, tapando las imágenes con una capa de yeso, pero sin destruirlos.
En 1948 dejó de ser mezquita y diez años después se convirtió en museo abierto a todos los públicos.
Los mosaicos y los frescos de la iglesia son una de las mejoras muestras del arte bizantino.
